Prosinec 2014:

Ve dnech 3. – 5. prosince 2014 během návštěvy Gregora Gilfillana v Praze se konalo první jednání řídícího výboru. Dále byly na programu setkání vědecké diskuse a plán postupu prací na projektu YEASTSEQ.

Březen 2015:

Gregor Gilfillan navštívil Univerzitu Karlovu v Praze na dva týdny (8. – 21. března 2015) s cílem rozšířit znalosti a dovednosti členů českých týmu v souladu s dlouhodobým záměrem spolupráce na projektu YEASTSEQ. Gregor Gilfillan učil doktorandy a mladé výzkumné pracovníky pracovních skupin z UK a MBÚ AV ČR techniky FAIRE a imunoprecipitace chromatinu (ChIP), které budou využity pro identifikaci epigenetických regulací uplatňujících se při reprogramování biofilmům podobných strukturovaných kolonií. Během návštěvy se též uskutečnilo druhé jednání řídícího výboru projektu.

Květen 2015:

Studentka doktorandského programu Jana Maršíková (z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze) se ve dnech 11. – 15. května 2015 zúčastnila pracovního pobytu v sekvenačním centru Oslo University Hospital, kde byla zaškolena do postupů přípravy vzorků a knihoven pro RNA sekvenaci nové generace. Jana do Oslo přivezla vzorky RNA šesti různých typů diferencovaných buněk kvasinkových kolonií a během pracovního pobytu z nich připravila příslušné RNA knihovny. Školení zajistil Gregor Gilfillan a nabyté vědomosti jsou předávány dalším členům pražských týmů z UK a MBÚ AV ČR.

Další fotografie naleznete  zde.

Červen 2015:

Bioinformatik Alexandru Mizeranschi navštívil v termínu 9. – 26. června 2015 Oslo a byl Timothy Hughesem vyškolen v používání bioinformatických nástrojů potřebných pro projekt YEASTSEQ. Výcvik byl zaměřen na použití bioinformatického software pro analýzu dat získaných prostřednictvím sekvenací nové generace z RNA-Seq, ChIP-Seq and DNA sekvenačních experimentů. Během návštěvy Alexandru také nastavil Amazon EC2 cloud server, který je využíván pro skladování a analýzu dat projektu YEASTSEQ.

Červen 2015:

17. – 21. června 2015 Zdena Palková a Libuše Váchová navštívily Oslo a zúčastnily se třetího jednání řídícího výboru projektu. Jednání bylo doplněno vědeckou diskusí týkající se pokroku dosaženého v experimentech a plánem dalšího postupu prací v projektu YEASTSEQ.

Další fotografie naleznete zde.

Listopad 2015

Otakar Hlaváček (vědecký pracovník Mikrobiologického ústavu) navštívil sekvenační centrum Oslo University Hospital ve dnech 24. – 28. listopadu 2015, s cílem osvojit si metody přípravy vzorků a knihoven pro DNA sekvenaci pomocí sekvenační techniky TrueSeq. Během svého zaškolení připravil knihovny ze 14 vzorků DNA z různých sektorů kvasinkových kolonií a z 5 dalších kontrolních vzorků přivezených z Prahy. Zacvičil se pod vedením Gregora Gilfillana a své znalosti následně předá dalším členům pražských pracovních skupin z MBÚ AV ČR a UK.

 

 

Březen 2016

Gregor Gilfillan navštívil Prahu (29. 2. – 2. 3. 2016) a zúčastnil se 4. jednání řídícího výboru projektu. Vědecká diskuze se týkala analýzy dat z RNA-seq a metody FAIRE (viz obrázky). Vzhledem k tomu, že se pravděpodobně jednalo o poslední setkání před definitivním přesunem pražských laboratoří na nové působiště jižně od Prahy, se účastníci sešli na obědě v oblíbené nedaleké restauraci Pivovarský dům.

Červen 2016:

18. – 21. června 2015 Zdena Palková se spoluřešitelkou Libuší Váchovou navštívily Oslo a zúčastnily se pátého jednání řídícího výboru projektu (Steering Committee). Na pořadu jednání byl průběh řešení a stav plnění jednotlivých plánovaných workpackages, odborné otázky a plán dalších experimentů FAIRE a ChIP.

 Září 2016:

David Segorbe (postdoktorand Laboratoře biologie kvasinkových kolonií) navštívil sekvenační centrum Oslo University Hospital ve dnech 25. – 29. září 2016, s cílem přípravy DNA knihoven použitím vzorků Faire připravených v Laboratoři biologie kvasinkových kolonií. Zacvičil se pod vedením Gregora Gilfillana a zároveň diskutoval další kroky v metodě chromatin imunoprecipitace (Chip).

Listopad 2016:

Gregor Gilfillan navštívil ve dnech 8. a 9. listopadu 2016 Prahu a spolu s vedoucími výzkumných skupin, Z. Palkovou and L. Váchovou, se zúčastnil II. Česko-norské výzkumné konference – Praha 2016.
Následujícího dne, 9. listopadu 2016, se Gregor Gilfillan zúčastnil šestého jednání řídícího výboru projektu. Byla diskutována budoucí spolupráce na využití přepínání fenotypů jako epigenetického toxikologického testu.

Prosinec 2016:
Derek Wilkinson, postdoktorand Laboratoře biologie kvasinkových kolonií, se zúčastnil kurzu proteomické bioinformatiky organizovaného pod záštitou Evropského bioinformatického institutu (EMBL/EBI), který se konal na půdě Wellcome Genome kampusu v Hinxtonu, nedaleko Cambridge ve Velké Británii. Kurs představoval možnost naučit se základům ale i novinkám v oblasti proteomické bioinformatiky a hmotnostní spektroskopie proteinů.